在处理土地纠纷时，可以采取以下步骤和部门：

协商解决

首先，当事人可以通过协商的方式解决土地纠纷。如果协商一致，可以签订土地权属协议书，该协议具有法律效力。

调解处理

如果协商无果，可以请求村民委员会、乡镇人民政府进行调解。这些机构可以帮助双方达成和解。

申请仲裁或提起诉讼

如果调解未能解决纠纷，当事人可以向当地农村土地承包仲裁机构申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在收到裁决书之日起三十日内向人民法院提起诉讼。

政府处理

根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

土地管理部门

县级以上国土资源行政主管部门或自然资源主管部门负责土地权属争议案件（以下简称争议案件）的调查和调解工作。对需要依法作出处理决定的，拟定处理意见，报同级人民政府作出处理决定。

法院诉讼

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，以作出处理决定的人民政府为被告提起行政诉讼。

建议

在处理土地纠纷时，建议先尝试通过协商和调解解决，如果这些方法都无法解决问题，再考虑申请仲裁或向人民法院提起诉讼。同时，确保按照法律程序进行，以便更好地维护自己的权益。