水果质量鉴定通常由以下部门负责：

1. 国家质检总局：作为产品质量监管和检验的权威机构，拥有专业的技术人员和设备，可以对各类产品进行质量鉴定和检测。

2. 质量技术监督行政部门：根据《产品质量法》，质量技术监督行政部门负责产品质量检验工作，并指定鉴定组织单位实施质量鉴定。

3. 卫生防疫站或食品监督站：这些部门负责食品的安全卫生检验，包括水果的农药残留、营养成分等检测。

4. 检测机构：专门管理监督水果蔬菜安全工作的部门，也可以进行水果的质量鉴定。

5. 疾控中心或农学院食品卫生系：进行水果的营养价值、农药残留等指标的检测。

6. 中国营养学会食品研究所：也能进行水果的质量鉴定和检测。

选择哪个部门进行鉴定，取决于您需要鉴定的具体项目，例如农药残留、营养成分分析等。您可以根据自己的需求选择合适的部门进行鉴定