网上办理港澳通行证的流程如下：

打开所属市的公安局出入境便民网 ，并登录。

填写个人信息

在个人业务中，若已有通行证，选择“已有通行证”并进入申请协议书页面，阅读并选择接受申请协议书。

根据自己的实际情况填写个人信息，包括姓名、身份证号、联系方式等。

提交申请

确认所有信息无误后，选择“提交”按钮。

提交后，等待快递来取港澳通行证。

查询申请状态

在申请提交后的第四个工作日，可以登录网站查询申请是否已受理。

申请受理后，可以在第10个工作日后凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。

缴纳费用

网上申请获得审批通过后，需要制作签注，并按规定缴纳相关费用。

建议提前准备好所需的材料，并确保所有信息的准确无误，以便顺利完成网上申请。