如果发票上的章盖得不清楚，可以采取以下几种方法处理：

补盖清晰的章

可以在发票上旁边补盖一个清晰的章，确保不会遮挡增值税发票上的其他内容。

重新开具发票

如果发票章模糊到完全无法辨认，建议重新开具一张新的发票，以免后期带来麻烦。

作废原发票

如果发票已经开具且未报送或认证，可以将其作废，并重新开具一张新的发票。

避免在原不清楚的章上加盖

不要在原不清楚的章上加盖，而应选择空白处重新加盖印章，以免影响发票的合法性和清晰度。

联系发票代开机构

如果不确定如何处理，可以联系发票代开机构寻求帮助，他们会协助判断是否需要重新盖章。

建议

及时作废和重开：为了避免后期麻烦，一旦发现发票章模糊，最好及时作废原发票并重新开具一张新的发票。

清晰补盖：如果时间允许，可以在旁边补盖一个清晰的章，确保不影响发票内容的读取。

咨询专业人士：在不确定的情况下，及时咨询专业的财务或税务人员，以确保处理方式符合相关规定。